Иако графитне лончиће поседују карактеристике као што су велика запреминска маса, отпорност на високе температуре, брз пренос топлоте, отпорност на киселу и алкалну корозију, висока чврстоћа на високим температурама и одлична отпорност на оксидацију, њихово чишћење након употребе може бити проблематично, посебно када се обрађују одређене сировине.
Први корак у чишћењу графитног лончића је уклањање хемијских супстанци изнутра, након чега следи чишћење. Начин чишћења зависи од врсте остатка који остаје у лончићу. Генерално, наслаге на графитним лонцима су неоргански остаци сагоревања, који се могу очистити хлороводоничном киселином, јер је већина њих растворљива. Међутим, неки остаци који садрже угљеничне компоненте нису растворљиви у хлороводоничкој киселини. У таквим случајевима, азотна киселина се може користити за чишћење, јер има јака оксидациона својства. Загревање се такође може применити током процеса чишћења.
За супстанце које се још увек тешко чисте, могу се кувати у разблаженој хлороводоничкој киселини или разблаженој азотној киселини. Имајте на уму да хлороводонична киселина која се користи не сме да садржи оксидационе агенсе као што су азотна киселина, нитрати или халогени. Ако је разблажена азотна киселина још увек недовољна за чишћење, онда се за чишћење могу користити растопљени калијум пиросулфат, натријум карбонат или боракс.
Графитне лончиће треба одржавати чистима, при чему су унутрашње и спољашње површине светле и сјајне. После дужег загревања, спољашња површина лончића може постати досадна, а временом ће ова тупост продрети у унутрашњост, узрокујући да лончић постане крт и пуца. Због тога се све нечисте супстанце морају уклонити. Ако још увек има мрља или је површина без сјаја, нежно истрљајте површину финим песком који је прошао кроз сито од 100 месх и нема оштрих ивица, користећи воду као мазиво, да бисте вратили сјај површини.